Inhalt: 1962, während der Zeit des Kalten Krieges: In einer geheimen Regierungseinrichtung kümmern sich Elisa und ihre Kollegin Zelda darum, dass alles sauber ist. Eines Tages wird ein seltsames Wesen in einem Bottich voller Wasser geliefert. Die amphibische Kreatur wurde in Südamerika gefangen und soll nun im Interesse des Militärs studiert werden. Während Anstaltsleiter Strickland nicht gerade freundlich mit dem Wesen umgeht, freundet sich Elisa mit ihm an. Elisa kann nicht sprechen, doch mit ihrer Zeichensprache findet sie heraus, dass das Wasserwesen intelligent und sehr einfühlsam ist. Nachdem die rücksichtslosen Verhöre der Kreatur durch Strickland erfolglos sind, fürchtet Elisa, dass ihrem amphibischen Freund etwas angetan werden könnte und versucht ihn freizulassen.

Das Flüstern des Wassers wurde von Meisterregisseur del Toro aufwendig und detailverliebt erdacht und gedreht. Dabei liegt das Hauptaugenmerk auf der Beziehung zwischen Elisa und dem Wesen, die sich ähnlicher sind, als man zunächst annimmt. Schließlich sprechen beide nicht und lieben gemeinsam Wasser. Zurecht bekam das Märchen viele Preise zugesprochen, denn Szenenbild, Musik, Regieführung und das Timing sind mehr als gelungen. Trotzdem gibt es auch kleine Mängel, nämlich die für del Toro typische, alberne und teils unnötige Inszenierung von Gewalt, viele Logikfehler und Ungenauigkeiten bezüglich der Technologie der Zeit, ein einschläferndes Erzähltempo und eine recht simple Handlung.